Варианта два.Первый простой для клиента и сложный для Вас, это оплатить ему стоимость одной паллеты.В принципе Вы обязанны проверить количество мест при приеме груза.
Но есть второй вариант,более жесткий (я быдаже сказал пиратский) и с достаточно туманными последствиями.Берете эту бумажку о якобы недостаче и говорите клиенту: Беру все документы(они у Вас должны остатся) ПП,ЦМР,эту бумажку и все что осталось(копии инвойса и т.д) и еду на таможню в Мартусовку.Пишите заявление на имя начальника таможни где расписываете все детали произошедшего.В заявлении просите проверить дейтельность вашего получателя .Самое главное должна быть фраза следуещего смысла( В мене як перевізника є підозра що вантажоотримувачем не в повному обсязі нараховані та сплачені митні платежи та збори).Тоесть логика простая-клиент как Вам кажется ,провел незаконные манипуляции с количеством грузовых мест.Поверте, таможня возьмет Вашего получателя в такой оборот, что стоимость не доставленной паллеты покажется ему небольшой финансовой потерей по сравнению с теми последствиями которые у него будут во время проверки со стороны таможни.Даже если все ОК по документам и платежам, заплатят они много, в том либо ином виде.
Обычно ,если клиент вменяемый то ему проще Вам все оплатить и не трогать Вас в дальнейшем.Но существует риск что он может сделать тоже, но уже в Ваш адресс и тогда отбиватся прийдется Вам.
Так что решать Вам.
Так то оно так , НО ! Недостачу повесят на перевозчика однозначно , никакая таможня не возьмет на себя тот факт , что на растаможке не было той паллеты ( вы представляете эту картину - эй вы таможенники вы чего тут 45 паллет растаможили 46 должно быть !!!

, я бы как то побоялся с такой предъявой в Мартусовку рыпаться ) , они будут в грудь себя бить что было 46 мест ( даже если досмотра не было , они скажут что было 46 на 100% , кто же свою жопу подставит ? ) , то есть обращение перевозчика в таможню даст результат 50х50 , ну а в случае что досмотр тщательный был ( а это камеры наблюдения докажут ) , и тут снова НО ! они повесят на перевозчика пропажу груза от растаможки до выгрузки , однозначно . Не знаю порядка прохождения границы с России на Украину , но с Европы когда пересекаем ( даже если Европа пломбу не ставит , это для них прошлый век ) , то наши таможенники ОБЯЗАТЕЛЬНО !!! пломбируют машину , чтобы от границы до растаможки машина шла под пломбой , и не случилось такого инцидента . Потом растаможка может быть даже без досмотра , и когда приезжаю на выгрузку , за руку привожу завсклада проверяем пломбу и тогда открываем .
Блин , ну а получается если же был досмотр , ( так как он у нас в основном поверхностный , потому что за все проплочено ) то все ровно повесят на перевозчика , мол груз пропал после растаможки .... Не хотел бы я оказаться на Вашем месте ... Но паллеты ВСЕГДА !!! при загрузке считаем ( тьху, тьху , тьху правда , от тюрьмы и от сумы , как говорится ) даже если паллеты бывают специфические , расспрашиваем , объясняют , плюются ( типа - нахрен оно тебе надо ?!?! , не понимают что можно оказаться в такой ситуации как у Вас ).
Желаю удачи в решении непростой ситуации ! Держите , пожалуйста , нас в курсе ( по возможности )
П.С. Еще может спасти то что в ЦМРке нет Вашей подписи в 23 графе , мол ничего не принимал , моя твоя не понимает , ну а если подписано , то приговор. И не факт что на разгрузке сами не спердолили эту паллету ( как вариант ).
Еще вариант найти общий вес машины , при заезде на растаможку , и заехать на весы пустой машиной , может так что-то выплывет по недостаче веса , но как то же надо докопаться до истины , где эта палета , пусть затребуют с погранперехода вес и т.д Только путем по весу пробивать , что если вес не катит с 45 паллетами , то разводняк тут на месте , если же с границы и до растаможки машина весила одинаково ( минус соляра конечно ) то тогда оттуда развод. Но груз должен был опечатан быть ( после обнаружения недостачи ) а то хрен их знает , может карщик по пьяни не в тот склад завез , потом они свой коск не признают , все равно на перевоза спишут , и не факт что завсклад таким способом не решил перекрыть недостачу, или улучшить свое благосостояние ....
Как говорится , после боя кулаками ... но на веса в Кирове надо было посмотреть , арбузы везешь и проверяешь чтобы не развели , не повесили несуществующую недостачу , а если бы загрузили 10 тонн , а выписали 20 ??? Ну уж много : паллеты не считал , веса не проверил ...